Type de contrat : stage de Master 2
Durée : 6 mois (janvier-février 2022 – juin-juillet 2022)
Date limite de candidature : 30/11/2021
Le projet QUAMPO (QUAlité des Milieux côtiers POrtuaire en haute-Corse) est porté par le laboratoire LIENSs en collaboration avec la station Stareso. Le projet vise à explorer une méthode innovante de monitoring de la qualité des eaux de 3 ports de Corse, en s’appuyant sur des techniques d’écotoxicologie de mesure de biomarqueurs chez des invertébrés et de modélisation des relations entre polluants et biomarqueurs dans le but de développer des standards environnementaux et des outils pour les gestionnaires des ports.
L’objectif est ici de développer une base de données issues du projet QUAMPO, suivant les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) avec pour objectif un dépôt de cette base de données dans le portail du PNDB (Pôle National de Données de Biodiversité) et la production d’un data paper. Il s’agira, pour le/la stagiaire, d’explorer les données disponibles, les bases de données en écotoxicologie, de créer un dictionnaire des données et les métadonnées associées en suivant les standards de l’EML (Ecological Metadata Language) et du Darwin Core, de collaborer avec l’équipe du PNDB en utilisant les outils du portail (ex: MetaSHARK) pour le dépôt de la base et enfin d’écrire le data paper.
Le/la stagiaire participera également au développement de cartes SIG et au développement de l’interface qui seront mises à disposition des gestionnaires, ainsi qu’à la réflexion sur le développement de standards environnementaux.
L’objectif de ce stage est de répondre au sous-objectif du projet QUAMPO visant à réaliser un suivi biannuel d’espèces bioindicatrices dans différents ports de Haute Corse en utilisant un large spectre de biomarqueurs (enzymes du métabolisme, éléments traces, polluants organiques…), pour pouvoir donner des clefs d’interprétation aux gestionnaires portuaires. En partenariat avec la station STARESO de Calvi, les organismes bioindicateurs ont été prélevés en janvier et septembre 2020 et le seront à nouveau en janvier 2021. Des analyses biochimiques (activité enzymatiques notamment) seront réalisées sur les échantillons disponibles puis une analyse intégrative des données sera effectuée pour identifier les biomarqueurs les plus intéressants à suivre, ainsi que l’espèce la plus adéquate dans un contexte de biosurveillance du milieu portuaire corse.
Le stage fait appel à des compétences pluridisciplinaires autour de la problématique des données, de la création de bases de données et des principes FAIR. Il/Elle contribuera à la mise à disposition de données scientifiques et devra être rigoureux avec un intérêt réel pour les données.
Compétences attendues : Maitrise de Access, R (and Shiny), QGIS ; Bonnes connaissances en écotoxicologie et biologie marine ; Aptitude à travailler en autonomie ; Ouverture d’esprit
Profil souhaité : Master 2 en cours: en écologie avec de solides bases en géomatique et informatique (création et gestion de bases de données) ou en géomatique avec des bases en écologie et gestion de la biodiversité.
Encadrement : Le candidat travaillera au sein de l’équipe AMARE du laboratoire LIENSs, une Unité Mixte de Recherche (CNRS/La Rochelle Université) qui intègre des compétences dans différents domaines scientifiques dont les sciences de l’environnement (biologie, écologie, géophysique), les sciences humaines (géographie, histoire), la chimie et les biotechnologies. Elle s’appuie sur cette pluridisciplinarité pour répondre aux enjeux du développement durable dans le cadre de ses recherches avec pour principal objet d’étude : le littoral.
Contacts : Envoyer un CV et une lettre de motivation à Bénédicte MADON (bcg.madon@gmail.com) et Hélène THOMAS (helene.thomas@univ-lr.fr) en copie.
Veuillez prendre note que toute candidature incomplète ne sera pas traitée.